var customUsers = new List<User>
{
    new User{FullName = "Ali Ahmadi", EyeColor = "Brown"},
    new User{FullName = "Milad Rezaei", EyeColor = "Green"}
};
var specificUsers = _context.Users.Where(x => customUsers.Any(xx=> xx.EyeColor == x.EyeColor || xx.FullName == x.FullName)).ToList();

آیا روش بالا به حل مسئله شما کمک میکنه؟ البته بجای اپراتور == میتوانید از متد Contains هم استفاده کنید که در نهایت به Is Exists در Sql Server ترجمه خواهد شد.